In dieser Variante der Polybios-Verschlüsselung wird das Polybios-Quadrat verändert und die hiermit erstellte Ziffernfolge fragmentiert und einer zusätzlichen Veränderung unterzogen.
| Klartext | Dies ist ein geheimer Text |
| Schlüssel | POLYBIOS 6 |
Im ersten Schritt wird mit dem Schlüsselwort POLYBIOS ein gemischtes Alphabet erstellt. Dieses wird aber zusätzlich noch um die mit der Schlüsselzahl 6 festgelegte Anzahl von Positionen zyklisch gesehen nach rechts verschoben.
| gemischtes Alphabet | POLYBISACDEFGHKMNQRTUVWXZ |
| Verschiebung | TUVWXZPOLYBISACDEFGHKMNQR |
Die sich aus der Verschiebung ergebende Buchstabenfolge wird dann zeilenweise in das Polybios-Quadrat eingetragen.
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | |
| 1 | T | U | V | W | X |
| 2 | Z | P | O | L | Y |
| 3 | B | I | S | A | C |
| 4 | D | E | F | G | H |
| 5 | K | M | N | Q | R |
Im nächsten Schritt werden die Buchstaben des Klartextes mithilfe des Polybios-Quadrates verschlüsselt.
| D | I | E | S | I | S | T | E | I | N | G | E | H | E | I | M | E | R | T | E | X | T |
| 41 | 32 | 42 | 33 | 32 | 33 | 11 | 42 | 32 | 53 | 44 | 42 | 45 | 42 | 32 | 52 | 42 | 55 | 11 | 42 | 15 | 11 |
Anschließend wird die Zahlenfolge fragmentiert, wobei die linke Zahl 4 zunächst direkt in die darunterliegende Zeile übernommen wird. Danach wird die nächste Zahl 1 mit der ersten Zahl 4 der unteren Zeile addiert und die Summe 4+1=5 als nächste Zahl der unteren Zeile notiert.
So fährt man fort, indem immer die nächste Zahl der oberen Zeile mit dem zuletzt berechneten Ergebnis aus der unteren Zeile addiert wird. Ist die Summe, wie in diesem Fall mit 3+5=8 größer als 5, wird 5 von der Summe subtrahiert und das Ergebnis als nächste Zahl in die untere Zeile eingetragen.

Mit diesen Additionen ergibt sich insgesamt folgende Zahlenfolge:

Die so erhaltene Zahlenfolge wird anschließend in Gruppen von jeweils zwei Ziffern unterteilt, die mithilfe des Polybios-Quadrates in Buchstaben umgewandelt werden.
| 45 | 35 | 41 | 42 | 52 | 53 | 45 | 41 | 41 | 14 | 32 | 13 | 22 | 13 | 13 | 35 | 41 | 11 | 23 | 24 | 55 | 12 |
| H | C | D | E | M | N | H | D | D | W | I | V | P | V | V | C | D | T | O | L | R | U |
Diese Buchstabenfolge bildet abschließend den Geheimtext, der durch die Fragmentierung der Zahlenfolge deutlich sicherer ist als die Verschlüsselung mit einem normalen Polybios-Quadrat.
| Geheimtext | HCDEM NHDDW IVPVV CDTOL RU |