Eine andere Variante der Playfair-Chiffre verwendet zwei Tabellen mit unterschiedlichen Schlüsselwörtern, die nach einem bestimmten Muster abwechselnd für die Verschlüsselung benutzt werden.
| Klartext | Dies ist ein geheimer Text |
| Schlüssel | POLYPLAYFAIR TABELLEZWEI |
Auch bei dieser Variante von Playfair werden zunächst zwei Quadrate erstellt, die mit den Buchstaben der beiden aus den Schlüsselworten erzeugten gemischten Alphabete horizontal gefüllt werden.
| P | O | L | Y | A |
| F | I | R | B | C |
| D | E | G | H | K |
| M | N | Q | S | T |
| U | V | W | X | Z |
| T | A | B | E | L |
| Z | W | I | C | D |
| F | G | H | K | M |
| N | O | P | Q | R |
| S | U | V | X | Y |
Für die Verschlüsselung wird der Klartext in Bigramme unterteilt, die mit einer der beiden Tabellen verschlüsselt werden. Welche Tabelle jeweils verwendet wird, richtet sich nach dem numerischen Schlüssel, der aus den ersten zehn Ziffern des ersten Schlüsselwortes erstellt wird. Ist dieses kürzer, können die fehlenden Ziffern entweder periodisch oder mit einem fortlaufenden Schlüssel erzeugt werden. Die Zahl 10 wird dabei durch die Ziffer 0 repräsentiert.
Ist die Ziffer des numerischen Schlüssels kleiner als fünf, wird die erste Tabelle benutzt, sonst die zweite. Damit ist eine gleichmäßige Verteilung für die Verwendung beider Tabellen gesichert.
| Klartext | DI ES IS TE IN GE HE IM ER TE XT |
7 6 4 9 8 5 1 0 3 2 7 |
|
| Tabelle 1 | BN KG FN GI NK |
| Tabelle 2 | ZC TX AL ZP KA DH SE |
Aus den Verschlüsselungen der Bigramme lässt sich dann der Geheimtext zusammensetzen.
| Geheimtext | ZCTXB NALZP KAKGF NGINK SE |
Im Bewertungssystem von Frank Rubin wird diese Variante mit normalen Schlüsseln in Stufe 5 eingeordnet. Mit fortlaufenden Schlüsseln erreicht diese Variante sogar Stufe 6.