Der Jesuitenpater Kircher hat die Tabula Recta von Trithemius umgewandelt und die Buchstaben von A bis Z ohne J durch die Zahlen von 1 bis 25 ersetzt, die jedoch nicht die Geheimtextzeichen darstellten. Zusätzlich verwendete er wie Vigenère ein Schlüsselwort.
| Klartext | Dies ist ein geheimer Text |
| Schlüssel | KIRCHER |
Kircher benutzte ein beliebiges Dokument und markierte dort Buchstaben in Abständen, die den Zahlen aus der Tabelle entsprachen. Daher nannte sein Schüler Gaspar Schott dieses Verfahren auch Abacus numeralis.
| A | B | C | D | E | F | G | H | I | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | X | Y | Z | ||
| A | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | Z |
| B | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 1 | Y |
| C | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 1 | 2 | X |
| D | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 1 | 2 | 3 | W |
| E | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 1 | 2 | 3 | 4 | V |
| F | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | U |
| G | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | T |
| H | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | S |
| I | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | R |
| K | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | Q |
| L | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | P |
| M | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | O |
| N | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | N |
| O | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | M |
| P | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | L |
| Q | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | K |
| R | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | I |
| S | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | H |
| T | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | G |
| U | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | F |
| V | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | E |
| W | 22 | 23 | 24 | 25 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | D |
| X | 23 | 24 | 25 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | C |
| Y | 24 | 25 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | B |
| Z | 25 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | A |
Für den ersten Buchstaben D des Klartextes sucht man diesen in der Kopfzeile und den ersten Schlüsselbuchstaben K am linken Rand der Tabelle. Im Schnittpunkt der zugehörigen Spalte und Zeile befindet sich die Zahl 13. Anstatt diesen Code wie üblich als Geheimtext zu notieren, nahm Kircher jedoch ein beliebiges Dokument und markierte dort das durch diesen Code festgelegte Zeichen w. In diesem Beispiel das dreizehnte Zeichen vom Beginn des Dokumentes.
Da für das Beispiel das Gedicht Die Loreley von Heinrich Heine gewählt wurde, müssen natürlich die Umlaute und das Zeichen ß durch zwei Buchstaben dargestellt werden. Zusätzlich werden die Satz- und Leerzeichen nicht gezählt.
Für den zweiten Buchstaben bestimmen die beiden Buchstaben I aus der Kopfzeile und dem Schlüsselwort den Code 17. Wie bei allen weiteren Codes wird immer der Abstand zum nächsten zu markierenden Buchstaben festgelegt, der hier D lautet.
| D | I | E | S | I | S | T | E | I | N | G | E | H | E | I | M | E | R | T | E | X | T |
| K | I | R | C | H | E | R | K | I | R | C | H | E | R | K | I | R | C | H | E | R | K |
| 13 | 17 | 21 | 20 | 16 | 22 | 10 | 14 | 17 | 4 | 9 | 12 | 12 | 21 | 18 | 20 | 21 | 19 | 1 | 9 | 14 | 3 |
| w | D | n | i | i | s | e | h | n | G | B | t | e | … |
Mit den Markierungen ergibt sich folgende Darstellung der ersten beiden Strophen des Gedichtes, das dann dem Empfänger übergeben werden muss.
Im Gegensatz zu den Tabellen von Trithemius und Vigenère und befindet sich auch am rechten Rand ein zweites Alphabet in umgekehrter Reihenfolge der Buchstaben. Dieses kann nach Absprache statt des Alphabets am linken Rand für die Schlüsselbuchstaben verwendet werden. Auch ist es möglich, beide Alphabete abwechselnd oder nach einem festen Schema zu benutzen.
Man erkennt, dass bei dem Verfahren von Kircher und längeren zu verschlüsselnden Mitteilungen ein umfangreiches Dokument vorhanden sein muss, sodass es sehr umständlich zu handhaben ist.