In einer weiteren Bifid-Variante werden die Zwischencodes des Polybios-Quadrates fragmentiert, indem diagonal auftretende Ziffern kombiniert werden.
| Klartext | Dies ist ein geheimer Text |
| Schlüssel | DIAGONAL |
Zunächst wird ein Polybios-Quadrat mit dem Schlüssel DIAGONAL erstellt.
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | |
| 1 | D | I | A | G | O |
| 2 | N | L | B | C | E |
| 3 | F | H | J | K | M |
| 4 | P | R | S | T | U |
| 5 | V | W | X | Y | Z |
Wie beim normalen Bifid werden mit diesem Polybios-Quadrat die Koordinaten jedes Buchstabens untereinander platziert und in Gruppen einer festgelegten Länge unterteilt.
| Klartext | DIESI STEIN GEHEI MERTE XT |
| Zeile | 11241 44212 12321 32442 54 |
| Spalte | 12532 34521 45252 55245 34 |
Nun werden allerdings die Ziffern in diesen Gruppen unterschiedlich zusammengefasst, um die Fragmentierung zu verstärken. Die erste Ziffer der oberen Teilgruppe wird am Ende noch einmal eingefügt, während die unteren Ziffern unverändert bleiben, wie am Beispiel der beiden linken Teilgruppen zu erkennen ist. Danach werden jeweils die Diagonalen von einer der unteren Ziffern zu der Ziffer der darüberstehenden Teilgruppe gezogen, die sich eine Position weiter rechts befindet. Die durch die Diagonalen festgelegten Ziffern werden dann abschließend mithilfe des Polybios-Quadrates in Buchstaben umgewandelt.

Insgesamt ergibt sich dann aus diesen Bigrammen der Geheimtext.
| diagonal | 11 | 22 | 54 | 31 | 21 | 34 | 42 | 51 | 22 | 14 | 42 | 53 | 22 | 51 | 21 | 52 | 54 | 24 | 42 | 53 | 34 | 45 |
| D | L | Y | F | N | K | R | V | L | G | R | X | L | V | N | W | Y | C | R | X | K | U | |
| Geheimtext | DLYFN KRVLG RXLVN WYCRX KU | |||||||||||||||||||||
Frank Rubin erachtet diese Variante als etwas stärker im Vergleich zur normalen Variante und ordnet sie in seinem Bewertungssystem in Stufe 4 ein.